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Johto es la segunda región, y en ella el jugador puede atrapar otros 100 Pokémon únicos. En esta región se introduce una nueva mecánica: La lista de Espera de la guardería. Es la primera región donde el jugador se enfrenta a la reducción de daño de ataque. Cualquier Pokémon no nativo de la región recibe una reducción de daño basada en el número de regiones totales que el jugador ha descubierto. Cada región descubierta y visitada elimina un 10% sobre la reducción de daño (Ejemplo: Si el daño total de un Pokémon era 10,000 en Kanto, se reducirá a 2,000 en Johto). Los Pokémon nativos de Johto hacen un 100% de su daño mientras el jugador se mantenga en Johto. Tras moverse a Kanto usando el Puerto se invierten las tornas. Los Pokémon nativos de Johto harán únicamente el 20% de su daño en Kanto, mientras que los Pokémon nativos de Kanto harán el 100% de daño en su región natal. La Lista de Espera de la Guardería permite al jugador poner en cola hasta 4 Pokémon además de los 4 huecos donde puede colocar huevos Pokémon. Una vez que los Pokémon están en la lista de espera, su daño desaparece del daño total del equipo hasta que vuelven a eclosionar o son eliminados de la lista de espera. En Johto el jugador tiene la oportunidad de obtener otro Objeto de Oak para mejorar la granja.