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Hoenn est la troisième région du jeu et le joueur peut y attraper 141 nouveaux Pokémon. Il y trouvera le dernier Objet de Chen et pourra relever le défi de la Zone de Combat. On y trouve également un Pokémon dont l'évolution dépend de la météo. Dans la Zone de Combat, le joueur pourra se battre afin de remporter de nombreuses récompenses, dont 4 Pokémon exclusifs. Il n'est cependant pas nécessaire d'obtenir ces Pokémon pour se rendre à Sinnoh. Pour débloquer le dernier prix, au niveau 386, le joueur devra pouvoir infliger au moins 1 000 000 dégâts par seconde avec ses joyaux au maximum. Il est impossible d'infliger des dégâts de clic dans la Zone de Combat.