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Hoenn est la troisième région du jeu et le joueur peut y attraper 141 Pokémon uniques. Il y trouvera le dernier Objet de Chen et pourra relever le défi de la Zone de Combat. On y trouve également un Pokémon dont l'évolution dépend de la météo. Dans la Zone de Combat, le joueur pourra se battre afin de remporter de nombreuses récompenses, dont 4 Pokémon exclusifs. Il n'est cependant pas nécessaire d'obtenir ces Pokémon afin de se rendre à Sinnoh. Pour débloquer le dernier prix, au niveau 386, le joueur devra infliger au moins 1000000 dégâts par seconde et renforcer tout ses joyaux au maximum. Il est impossible d'infliger des dégâts en cliquant dans la Zone de Combat.