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Hoenn es la tercera región y en ella el jugador puede atrapar otros 141 Pokémon nuevos. El jugador encontrará el último Objeto de Oak diponible y puede probar suerte con el desafío del frente batalla. También hay un Pokémon que evoluciona basándose en el clima actual de la zona. En el frente batalla el jugador puede aceptar el reto y ganar grandes premios, incluyendo 4 Pokémon únicos. No es necesario de cara a la progresión hacia Sinnoh capturar estos Pokémon. Para alcanzar el último premio en la fase 386 el jugador debería tener al menos un mínimo de 1,000,000 puntos de ataque incluyendo todas sus Gemas al máximo. Los clicks manuales no se pueden usar en el frente batalla.