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Johto est la deuxième région du jeu, dans laquelle le joueur pourra attraper 100 nouveaux Pokémon. La nouvelle fonctionnalité ajoutée dans cette région est la file d'attente de la pension. C'est la première région dans laquelle le malus de dégâts devient perceptible. Tous les Pokémon étrangers recevront un malus de dégâts basé sur le nombre de régions découvertes. Chaque région découverte et visitée (ce qui inclut Kanto) diminuera ce malus de 10%. Par exemple, si la quantité totale de dégâts d'un Pokémon est de 10000 à Kanto, elle passera à 2000 à Johto. Si le joueur retourne à Kanto en passant par les Docks, ce sera le contraire : les Pokémon originaires de la région de Johto n'infligeront que 20% de leurs dégâts totaux tandis que ceux provenant de Kanto y infligeront 100% de dégâts. La file d'attente de la pension permet au joueur d'ajouter 4 Pokémon à la pension, en plus de ceux dont les œufs sont en cours d'incubation. Quand un Pokémon est ajouté à la file d'attente, ses dégâts ne sont plus ajoutés aux dégâts totaux de l'équipe, et ce jusqu'à ce que son œuf soit incubé et éclos ou que le Pokémon soit retiré de la file d'attente. A Johto, le joueur aura la possibilité d'acquérir un nouvel Objet de Chen pour améliorer sa ferme.