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Dans les Boutiques, différentes devises peuvent être échangées contre des objets utiles tels que des Objets d'évolution, des Œufs et des Poké Ball.

Les prix visibles dans les tables ci-dessous reflètent les prix de base de chaque objet. Lors qu'ils sont achetés en lot, les objets voient leur prix augmenter d'un montant variable. Avec l'exception des Master Ball et des Protéines, le prix des objets peut être ramené à leur valeur de base en vainquant des Pokémons sur les routes, dans les Arènes et dans les Donjons. Les Objets Rares, les Objets de Chen et les Assistants de Ferme et de Pension sont en gras et ne peuvent être acheté qu'en un seul exemplaire.

Boutique Pokémon
Un Centre commercial se situe dans chaque région, situé : Après avoir vaincu le Maître Peter à Johto, le Centre Commercial devient accessible dans le module des raccourcis, aux côtés du Souterrain et de la  Ferme,
 * Céladopole - ne vends ni Ultraball.png balls, ni SmallRestore.pngns, ni MediumRestore.png Potions, ni LargeRestore.png Potions
 * Doublonville - ne vends pas LargeRestore.png'Hyper Potions
 * Nénucrique
 * Voilaroc
 * Centre Commercial R9
 * Illumis
 * Rue du Dôme Royal

Ligue Pokémon
La boutique Pokémon de la Ligue Pokémon est la même pour toutes les régions et vend des Master Balls et des Protéines, qui augmentent de façon permanente en prix lors de l'achat par devise. Les prix de base de ces objets sont listés ci-dessous.